• facebook
  • gekoppel
  • youtube

Opkoms van SARS-CoV-2 B.1.1.7 Afstamming

Verenigde State, 29 Desember 202012 Januarie 2021

Summer E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2 ;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, MD 1 ;Adam MacNeil, PhD 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1 ;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1 ;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1 ;Vivien G. Dugan, PhD

Op 15 Januarie 2021 is hierdie verslag as 'n MMWR geplaasVroeë vrystelling op die MMWR-webwerf (https://www.cdc.gov/mmwr).

Op 14 Desember 2020 het die Verenigde Koninkryk berig'n SARS-CoV-2-variant van kommer (VOC), afkoms B.1.1.7,ook na verwys as VOC 202012/01 of 20I/501Y.V1.* DieB.1.1.7-variant het na raming in September ontstaan2020 en het vinnig die dominante sirkulasie gewordSARS-CoV-2-variant in Engeland (1).B.1.1.7 wasopgespoor in meer as 30 lande, insluitend die Verenigde State.Soosvan 13 Januarie 2021 het ongeveer 76 gevalle van B.1.1.7is in 12 Amerikaanse state opgespoor.Veelvuldige bewyseaandui dat B.1.1.7 meer doeltreffend oorgedra word as wat dit isander SARS-CoV-2-variante (13).Die gemodelleerde trajek vanhierdie variant in die VSA toon vinnige groei vroeg in 2021,word die oorheersende variant in Maart.VerhoogSARS-CoV-2-oordrag kan gespanne gesondheidsorg bedreighulpbronne, uitgebreide en strenger implementering vereisvan openbare gesondheidstrategieë (4), en verhoog die persentasie vanbevolkingsimmuniteit benodig vir pandemiebeheer.Neemmaatreëls om transmissie nou te verminder, kan die potensiaal verminderimpak van B.1.1.7 en laat kritieke tyd toe om inenting te verhoogsie dekking.Gesamentlik verbeter genomiese toesiggekombineer met volgehoue ​​nakoming van effektiewe publiekgesondheidsmaatreëls, insluitend inenting, fisiese afstand,gebruik van maskers, handhigiëne, en isolasie en kwarantyn, salnoodsaaklik wees om die verspreiding van SARS-CoV-2, die virus, te beperkwat koronavirussiekte 2019 (COVID-19) veroorsaak.Strategiestoetsing van persone sonder simptome, maar met 'n hoër risiko vaninfeksie, soos diegene wat aan SARS-CoV-2 blootgestel is of wat hetgereelde onvermydelike kontak met die publiek, bied 'n andergeleentheid om deurlopende verspreiding te beperk.

Globale genomiese toesig en vinnige oopbrondelinging van virale genoomvolgordes het byna intydse gefasiliteeropsporing, vergelyking en opsporing van ontwikkelende SARS-CoV-2variante wat openbare gesondheidspogings kan inlig om die te beheerpandemie.Terwyl sommige mutasies in die virale genoomna vore kom en dan terugtrek, kan ander 'n selektiewe voorsprong geeneem aan die variant, insluitend verbeterde oordraagbaarheid, sodatso 'n variant kan vinnig ander sirkulerende variante oorheers.

Vroeg in die pandemie bevat variante van SARS-CoV-2die D614G mutasie in die piek (S) proteïen wat toeneemreseptorbindingsgierigheid het vinnig in baie oorheersend gewordgeografiese streke (5,6).Aan die einde van die herfs van 2020 het verskeie lande gerapporteer dat hulle opgespoor isSARS-CoV-2-variante wat meer doeltreffend versprei.Daarbytot die B.1.1.7-variant, sluit noemenswaardige variante die B.1.351 inafkoms wat die eerste keer in Suid-Afrika opgespoor is en die onlangs geïdentifiseerB.1.1.28 subklade (hernoemP.1) by vier reisigers opgespoorvan Brasilië tydens roetine-vertoning by die Haneda (Tokio)lughawe.§ Hierdie variante dra 'n konstellasie van genetiese mutasies, insluitend in die S-proteïenreseptor-bindende domein,wat noodsaaklik is vir binding aan die gasheersel angiotensien-omskakeling van ensiem-2 (ACE-2) reseptor om virus te fasiliteerinskrywing.Bewyse dui daarop dat ander mutasies in hierdie gevind wordvariante kan nie net verhoogde oordraagbaarheid verleen nie, maar ookkan ook die prestasie van sommige diagnostiese intydse beïnvloedomgekeerde transkripsiepolimerase kettingreaksie (RT-PCR)toetseen verminder vatbaarheid vir neutraliserende teenliggaampies(2,3,510).'n Onlangse gevalverslag het die eerste geval van gedokumenteerSARS-CoV-2 herinfeksie in Brasilië met 'n SARS-CoV-2 variantwat die E484K-mutasie bevat het,** wat getoon isom neutralisasie deur herstel sera en monoklonale te verminderteenliggaampies (9,10).

Hierdie verslag fokus op die ontstaan ​​van die B.1.1.7-variantin die Verenigde State.Vanaf 12 Januarie 2021 was nie dieB.1.351 of die P.1 variante is opgespoor in dieVerenigde State.Vir inligting oor opkomende SARS-CoV-2variante van kommer, CDC hou 'n webblad gewy aanverskaf inligting oor opkomende SARS-CoV-2-variante.††

 B.1.1.7 afkoms (20I/501Y.V1)

Die B.1.1.7-variant dra 'n mutasie in die S-proteïen(N501Y) wat die konformasie van reseptorbinding beïnvloeddomein.Hierdie variant het 13 ander B.1.1.7-lynbepalende mutasies (Tabel), waarvan verskeie in die S-proteïen,insluitend 'n skrapping by posisies 69 en 70 (del6970) ditspontaan ontwikkel in ander SARS-CoV-2 variante en isveronderstel om oordraagbaarheid te verhoog (2,7).Die verwyderingby posisies 69 en 70 veroorsaak S-geen-teikenversaking (SGTF)in ten minste een RT-PCRgebaseerde diagnostiese toets (dws met dieThermoFisher Taq Path COVID-19-toets, die B.1.1.7 varimier en ander variante met die del6970 produseer 'n negatiefresultaat vir S-geen teiken en 'n positiewe resultaat vir die ander tweeteikens);SGTF het gedien as 'n gevolmagtigde in die Verenigde Koninkrykvir die identifisering van B.1.1.7 gevalle (1).Veelvuldige bewyse dui aan dat B.1.1.7 meer isdoeltreffend oorgedra in vergelyking met ander SARS-CoV-2variante wat in die Verenigde Koninkryk sirkuleer.Britse streke met'n hoër proporsie B.1.1.7-reekse het vinniger epidemie gehadgroei as ander gebiede, het diagnoses met SGTF toegeneemvinniger as nie-SGTF-diagnoses in dieselfde gebiede, en ahoër persentasie kontakte is deur indekspasiënte besmetmet B.1.1.7 infeksies as deur indekspasiënte wat besmet is metander variante (1,3).Variant B.1.1.7 het die potensiaal om die VSA-pan te vergrootdemiese trajek in die komende maande.Om hierdie effek te illustreer,'n eenvoudige, twee-variante kompartementele model is ontwikkel.Die huidige Amerikaanse voorkoms van B.1.1.7 onder alle sirkulerendevirusse is onbekend, maar daar word vermoed dat dit <0,5% is gebaseer op diebeperkte aantal gevalle opgespoor en SGTF-data (8).Virdie model, aanvanklike aannames het 'n B.1.1.7 voorkoms ingesluitvan 0,5% onder alle infeksies, SARS-CoV-2 immuniteit teenvorige infeksie van 10%30%, 'n tydsveranderende voortplantinggetal (R t ) van 1.1 (versagde maar toenemende transmissie)of 0,9 (dalende oordrag) vir huidige variante, en word gerapporteer insidensie van 60 gevalle per 100 000 persone per dag op1 Januarie 2021. Hierdie aannames verteenwoordig nie presies nieenige enkele Amerikaanse ligging, maar dui eerder op 'n veralgemening vantoestande wat regoor die land algemeen voorkom.Die verandering in R t oortyd as gevolg van verworwe immuniteit en toenemende prevalens van B.1.1.7, is gemodelleer, met die B.1.1.7 R t aangeneemom 'n konstante 1.5 keer die R t van huidige variante te wees, gebaseer opaanvanklike skattings van die Verenigde Koninkryk (1,3).Vervolgens is die potensiële impak van inenting gemodelleeraangeneem dat 1 miljoen entstof dosisse toegedien is perdag wat 1 Januarie 2021 begin, en dat 95% immuniteitis bereik 14 dae na ontvangs van 2 dosisse.Spesifiek,immuniteit teen infeksie met óf huidige variante óf dieB.1.1.7 variant is aanvaar, hoewel die doeltreffendheid enduur van beskerming teen infeksie bly onseker,omdat dit nie die primêre eindpunt van kliniese proewe was nievir aanvanklike entstowwe.In hierdie model is B.1.1.7-voorkoms aanvanklik laag, maar tog omdatdit is meer oordraagbaar as huidige variante, dit wysvinnige groei vroeg in 2021, wat die oorheersende varimier in Maart (Figuur 1).Of oordrag van stroomvariante neem toe (aanvanklike R t = 1.1) of neem stadig af(aanvanklike R t = 0.9) in Januarie, B.1.1.7 dryf 'n wesenlike veranderingin die transmissietrajek en 'n nuwe fase van eksponensiëlegroei.Met inenting wat teen infeksie beskerm, dievroeë epidemiese bane verander nie en B.1.1.7 verspreikom steeds voor (Figuur 2).Na B.1.1.7 word egter diedominante variant, is die oordrag daarvan aansienlik verminder.Die effek van inenting op die vermindering van oordrag in die nabye omgewingterm was die grootste in die scenario waarin oordrag wasreeds afneem (aanvanklike R t = 0.9) (Figuur 2).Vroeë pogings watkan die verspreiding van die B.1.1.7-variant beperk, soos universele enverhoogde nakoming van strategieë vir versagting van openbare gesondheid,sal meer tyd vir deurlopende inenting toelaat om hoër te bereikimmuniteit op bevolkingsvlak.

Bespreking

Tans is daar geen bekende verskil in kliniese uitkomste niegeassosieer met die beskryfde SARS-CoV-2-variante;egter,'n hoër tempo van oordrag sal lei tot meer gevalle, wat toeneemdie aantal persone in die algemeen wat kliniese sorg benodig, verergerom die las op 'n reeds gespanne gesondheidsorgstelsel te verlig,en meer sterftes tot gevolg het.Voortgesette genomiese toesigom B.1.1.7 gevalle te identifiseer, asook die opkoms van andervariante van kommer in die Verenigde State, is belangrik vir dieCOVID-19 reaksie op openbare gesondheid.Terwyl die SGTF resultatekan help om potensiële B.1.1.7 gevalle te identifiseer wat bevestig kan worddeur volgorde te bepaal, prioriteitsvariante te identifiseer wat nie vertoon nieSGTF maak uitsluitlik staat op volgorde-gebaseerde toesig.

 

 

 

Variant benaming

Eerste identifikasie  

Kenmerkende mutasies

(proteïen: mutasie)

Aantal huidige volgorde-bevestigde gevalle No. van

lande met

rye

Ligging Datum Verenigde State Wêreldwyd  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Verenigde Koninkryk Sep 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: deel 6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15 369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Suid-Afrika Okt 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brasilië en Japan Januarie 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Afkortings: del = skrap;E = omhulselproteïen;N = nukleokapsiedproteïen;ORF = oop leesraam;S = piekproteïen.

Die ervaring in die Verenigde Koninkryk en die B.1.1.7-modelleaangebied in hierdie verslag illustreer die impak 'n meer aansteeklikevariant kan hê op die aantal gevalle in 'n populasie.Dieverhoogde oordraagbaarheid van hierdie variant vereis 'n selfs meerstreng gekombineerde implementering van inenting en mitigamaatreëls (bv. afstandhouding, maskering en handhigiëne)om die verspreiding van SARS-CoV-2 te beheer.Hierdie maatreëls sal weesmeer effektief as hulle vroeër eerder as later ingestel wordom die aanvanklike verspreiding van die B.1.1.7-variant te vertraag.Pogings omberei die gesondheidsorgstelsel voor vir verdere stygings in gevalle isgeregverdig.Verhoogde oordraagbaarheid beteken ook dat hoëras verwagte inentingsdekking moet bereik worddieselfde vlak van siektebeheer te bereik om die publiek te beskermin vergelyking met minder oordraagbare variante.In samewerking met akademici, nywerheid, staat, territoriale,stam- en plaaslike vennote, CDC en ander federale agentskappekoördineer en verbeter genomiese toesig envirus karakterisering pogings regoor die Verenigde State.CDCkoördineer VS-volgordebepalingspogings deur die SARS-CoV-2Volgordebepaling vir noodreaksie vir openbare gesondheid,Epidemiologie en Toesig (SFERE)§§konsortium,wat ongeveer 170 deelnemende instellings insluit en oop datadeling bevorder om die gebruik van SARS-CoV-2 te fasiliteervolgorde data.Om SARS-CoV-2 virale evolusie op te spoor, is CDCimplementering van veelvlakkige genomiese toesig om te verstaandie epidemiologiese, immunologiese en evolusionêre prosessewat virale filogenieë vorm (filodinamika);lei uitbrekingondersoeke;en die opsporing en karakterisering te vergemaklikmoontlike herinfeksies, entstofdeurbraakgevalle, enopkomende virale variante.In November 2020 het CDC gestigdie Nasionale SARS-CoV-2 Strain Surveillance (NS3)-programom die verteenwoordigendheid van huishoudelike SARS-CoV-2 te verbeterrye.Die program werk saam met 64 Amerikaanse publiekgesondheidslaboratoriums om 'n genomiese toesigstelsel te ondersteun;NS3 bou ook 'n versameling SARS-CoV-2-monsters and rye om openbare gesondheid reaksie en wetenskaplike te ondersteunnavorsing om die impak van betreffende mutasies op te evalueerbestaande aanbevole mediese teenmaatreëls.CDC hetook met verskeie groot kommersiële kliniese labora gekontrakteertories om tienduisende SARS-CoV-2 vinnig te ordenpositiewe monsters elke maand en het sewe akademiese befondsinstellings om genomiese toesig in vennootskap uit te voermet openbare gesondheidsagentskappe, en daardeur aansienlik bygedradie beskikbaarheid van tydige genomiese toesigdata van regoordie Verenigde State.Benewens hierdie nasionale inisiatiewe,baie staats- en plaaslike openbare gesondheidsagentskappe is opeenvolging

FIGUUR 1. Gesimuleerde geval-insidensiebane* van huidige SARS-CoV-2-variante en die B.1.1.7-variant,aanvaar geen gemeenskapsinenting nieen óf aanvanklike R t = 1.1 (A) óf aanvanklike R t = 0.9 (B) vir huidige varianteVerenigde State, JanuarieApril 2021

 

Figuur 1
figuur 2
afkortings
Figuur 1

SARS-CoV-2 om plaaslike epidemiologie beter te verstaan ​​enondersteun openbare gesondheidsreaksie op die pandemie.Die bevindinge in hierdie verslag is onderhewig aan ten minste drie limitasies.Eerstens, die omvang van die toename in transmissibiliteit in die Verenigde State in vergelyking met dié waargeneem in dieVerenigde Koninkryk bly onduidelik.Tweedens, die voorkoms vanB.1.1.7 in die Verenigde State is ook tans onbekend, maaropsporing van variante en skatting van voorkoms sal verbetermet verbeterde Amerikaanse toesigpogings.Ten slotte, plaaslike mitigasiemaatstawwe is ook hoogs veranderlik, wat lei tot variasie inR t.Die spesifieke uitkomste wat hier aangebied word, is gebaseer op simulaen geen verandering in versagtings na 1 Januarie aanvaar nie.Die verhoogde oordraagbaarheid van die B.1.1.7 variant oorlogrante streng implementering van openbare gesondheidstrategieë aanverminder transmissie en verminder die potensiële impak van B.1.1.7,kritieke tyd te koop om inentingsdekking te verhoog.CDC'Smodelleringsdata toon dat universele gebruik van en verhoogde voldoeningansie met versagtingsmaatreëls en inenting is van kardinale belang omverminder die aantal nuwe gevalle en sterftes aansienlik in diekomende maande.Verder, strategiese toetsing van persone sondersimptome van COVID-19, maar wat 'n groter risiko het virinfeksie met SARS-CoV-2, bied nog 'n geleentheid omdeurlopende verspreiding beperk.Gesamentlik, verbeterde genomiese toesiglans gekombineer met verhoogde nakoming van openbare gesondheidversagtingstrategieë, insluitend inenting, fisiese afstandgebruik, gebruik van maskers, handhigiëne, en isolasie en kwarantyn,noodsaaklik sal wees om die verspreiding van SARS-CoV-2 te beperk enopenbare gesondheid te beskerm.

Erkennings

Lede van die Sequencing for Public Health EmergencyReaksie, Epidemiologie en Toesig-konsortium;staat en plaaslikopenbare gesondheidslaboratoriums;Vereniging van Openbare Gesondheidslaboratoriums;CDC COVID-19-reaksiespan;Respiratoriese Virusse Tak,Afdeling Virale Siektes, CDC.Committee of Medical Journal Editors vorm vir bekendmaking van potensiëlebotsende belange.Geen potensiële botsing van belange is bekend gemaak nie.

Verwysings

1. Openbare Gesondheid Engeland.Ondersoek van nuwe SARS-CoV-2-variant: variant van kommer 202012/01, tegniese inligtingsessie 3. Londen, Verenigde Koninkryk: Openbare Gesondheid Engeland;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Herhalende opkoms en oordrag van 'n SARS-CoV-2 piek-uitwissing ΔH69/V70.bioRxiv[Voordruk aanlyn geplaas 14 Januarie 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Oordrag van SARS-CoV-2-lyn B.1.1.7 in Engeland: insigte uit die koppeling van epidemiologiese en genetiese data.medRxiv [Voordruk aanlyn geplaas 4 Januarie 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;CDC COVID-19-reaksiespan.Opsomming van leiding vir openbare gesondheidstrategieë om hoë vlakke van gemeenskapsoordrag van SARS-CoV-2 en verwante sterftes aan te spreek, Desember 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/949e.2mmwr
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;COG-UK Konsortium.Evaluering van die uitwerking van SARS-CoV-2 piekmutasie D614G op oordraagbaarheid en patogenisiteit.Sel 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Volg veranderinge in SARS-CoV-2-piek: bewyse dat D614G die aansteeklikheid van die COVID-19-virus verhoog.Sel
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Natuurlike delesies in die SARS-CoV-2-piek-glikoproteïen dryf teenliggaampies ontsnap.bioRxiv [Voordruk aanlyn geplaas 19 November 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S geenuitvalpatrone in SARS-CoV-2-toetse dui op verspreiding van die H69del/V70del-mutasie in die VSA.medRxiv [Voordruk aanlyn geplaas 30 Desember 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Ontsnap van neutraliserende teenliggaampies deur SARS-CoV-2-puntproteïenvariante.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Omvattende kartering van mutasies aan die SARS-CoV-2 reseptor-bindende domein wat herkenning deur poliklonale menslike serum teenliggaampies beïnvloed.bioRxiv [Voordruk aanlyn geplaas 4 Januarie 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Postyd: 11 Feb 2021